故事发生在一个遥远的小村庄，村庄里有一个淘气男孩，尼尔斯。 因为捉弄了小精灵，变成了一个拇指般的小人，向动物们求助时却遭到他们无情讽刺和嘲笑。为了不让大白鹅莫顿飞走，他骑上了鹅背开启了奇妙之旅。
为了能和大雁在一起，尼尔斯勇敢的从狐狸口中救出了一只大雁，从此他成了雁群中的一员，途中他们经过城堡帮助了快要灭绝的黑老鼠，并来到了库拉山，欣赏了精彩的“鹤之舞表演大会”，但是狐狸想尽办法报复尼尔斯，一路追踪雁群，尼尔斯尽心尽力的帮助雁群，但在跟狐狸周旋时，尼尔斯不幸被乌鸦们抓走了。乌鸦叼走尼尔斯，并要求她打开装满银币的罐子，最后“迟钝儿”救了尼尔斯，但自己被狐狸抓死了。尼尔斯还帮助可怜老夫人完成了遗愿与雁群生活在了一起。
冬天到了大雁经过尼尔斯家时让他回家看看，但不幸的是莫顿被尼尔斯爸爸妈妈抓走了，他忙去解救，到了家门口他发现他重新变回了人和家人生活在一起，从此成好孩子。
尼尔斯旅游过的地方有罗纳比河，卡尔斯克鲁纳，厄兰岛，小卡尔斯岛，斯莫兰，从塔山到胡斯克瓦而那，大鸟湖，奈尔盖，矿区，钢铁厂，达尔河，教堂，乌普兰，乌普萨拉
给予别人帮助是快乐的。
尼尔斯从一个调皮捣蛋的孩子变成一个勇敢、乐于助人的好孩子。
帮助别人是最快乐的，要做这样的孩子。
在这次长途旅行中，尼尔斯看到了祖国的美丽风光。
他增长了许多新知识，结识了许多好朋友，听了许多传奇故事，同时也经历了很多的困难与危险，并从各种动物学到不少的优点，逐渐改正了自己以前的缺点，还培养了勇于舍己、助人为乐的优秀品德。
由于尼尔斯变善良，当他重返家园时，不仅变回了人，而且成了一个勇敢、善良、乐于助人、富有责任感而又勤劳的男孩。
尼尔斯虽然身处逆境，但最终能克服恐惧的心理，并在一次次的磨练中变得勇敢起来。
最终，尼尔斯从一个淘气，贪玩，喜欢恶作剧的小男孩变成一个懂事，乐于助人的好孩子，因为他懂得了给予别人帮助是快乐的。