在平日丢失：
如果港澳通行证是个人签的（也就是G签）就需要到户口所在地（也就是证件的颁发地）的公安局出入境管理科，挂失，并且申请补办。如果是团队签证的港澳通行证，（也就是L签）就直接汇报，帮你办证的旅行社即可。
在港澳旅游或探亲等途中丢失：
1、报警，挂失证件（证件名称为：港澳通行证，可不是护照）。如若方便，可选择去湾仔警署，毕竟外交部驻港公署就在它对面，比较方便。
2、去外交部驻港公署办旅行证。工作时间：09：00-17:00（中午十二点到两点休息）。这旅行证是作为丢失证件后，作为护照用的。
港澳通行证丢了补办时需要带上 身份证 等材料到指定地点先挂失，港澳通行证在中国大陆里面丢失的，应该及时带上居民身份证到派出所办理挂失再到出入境部门重新申请办理补办的，而对于在旅途中丢失通行证，可以到当地相关旅行社咨询办理临时通行证回大陆。
在户籍地办理：本人带照片 照片回执去户口所在公安局出入境管理局办理，可以网上预约。