祖籍是江西省婺源县人。
黄璐琦是中国共产党党员，中国工程院院士，中国中医科学院院长，国家中医药管理局副局长，中国中医科学院研究生院院长，中国医学科学院学部委员，中国科学技术协会第十届全国委员会副主席。
1989年7月，黄璐琦在江西中医药学院获学士学位。
1992年7月，在中国中医科学院中药研究所获硕士学位。
1995年7月，在北京医科大学（现北京大学医学部）获博士学位。
1997年11月起，先后担任过中国中医科学院中药研究所副所长、代所长、所长，中国中医科学院副院长。
2012年12月，出任中药资源中心主任。
2015年8月起，任中国中医科学院党委常委、常务副院长，并继续兼任中药资源中心主任。
2018年12月起，任中国中医科学院院长、中国中医科学院研究生院院长。
黄璐琦主要从事中药资源和分子生药学的研究工作。
《盲山》：直面农村系统性的落后和愚昧，探讨存在于农村的黑暗面。影片展现了男主角的母亲可能被拐卖到山村的猜测，以及为了一丝希望而付出的努力和牺牲。黄璐在影片中展现出出色的演技，国际版结尾的反杀场面令人痛快。这部电影真实而无奈地揭示了农村现实。
黄瓜818是由中国农业科学院蔬菜研究所选育的新品种，于2001年正式推广种植。该品种为半早熟、中等开花性和中等结果性黄瓜。它的果实形态呈长圆柱状，果皮呈鲜绿色，果身表面有明显的花纹和疏细刺，营养丰富，口感清脆爽口。黄瓜818不仅具备了早熟、高产、病虫害抗性和品质好的特点，而且适应性广、抗病性强、质量稳定，被誉为“黄瓜之王”，成为目前国内黄瓜市场上的主流品种之一。