是的，抖店运费险是在发货后扣除的。当卖家在抖音小店上点击“确认发货”后，系统会自动从预充值金额中扣除保费。保费是根据订单的发货金额和商品的重量、尺寸等因素进行计算的。具体的扣费标准可能因订单金额的不同而有所差异，例如订单金额在101~200元时，运费险扣费为0.02元；订单金额在201~500元时，运费险扣费为0.03元等。
此外，退货运费险的理赔金额是根据买家的收货地址和卖家在系统中预留的退货地址来确定的，每个保单只能进行一次理赔，即每份订单仅能投保一次，并且仅能获得一次理赔。
需要注意的是，如果订单未发货，则不会收取保费。同时，为了保障消费者的权益，如果在下单后的150天内，订单既未发货也未进行退款，订单将自动关闭，交易金额将按照原有付款途径退回到消费者账户。
请注意，抖音平台对于运费险的费率并没有具体规定，因此具体的扣款金额可能会根据商品的价格和性质等因素有所不同。卖家在使用抖音运费险服务时，最好事先了解平台的相关规定，以便能够更好地控制成本和风险。
主要考虑以下几种情况：
买家承担超出运费：
当退货的运费超过了运费险的保额，买家需要承担超出部分的运费。运费险只负责保障退货的运费在一定范围内，超出范围的部分由买家自行承担。
电商平台承担超出运费：
对于一些大型的电商平台，他们可能会提供“超出运费险”这样的服务，这种情况下，如果出现了超出运费的情况，电商平台会为用户承担这部分费用。
卖家承担超出运费：
在一些小型的电商平台或者是个体卖家的交易中，如果出现了超出运费的情况，卖家通常会承担这部分费用。这种做法可以保证交易的顺利进行，并获得用户的好评和信任。
协商解决：
买家也可以与卖家协商，由卖家来补足差额。此外，如果无法协商，运费险超出部分只有自己承担。
综上所述，抖店运费险超出部分的承担责任取决于具体的电商平台政策、卖家是否提供额外的保障服务以及买卖双方的协商结果。在没有明确规定的情况下，买家应事先了解所有可能的费用，以避免不必要的财务负担。